首先，报考的条件不一样。企业管理硕士只要符合国家统一的报考规定即可，也就是说，应届生与在职人员均可报考。报考MBA必须是大学本科毕业后有3年或3年以上工作经验的人员；大专毕业后有5年或5年以上工作经验的人员；已获硕士学位或博士学位并有2年或2年以上工作经验的人员（指毕业日到入学日）。
    其次，考试科目不一样。MBA入学考试要参加全国试点62所院校的联考，联考科目是英语、数学、写作与逻辑。   

第三，试题难度不同。一般来说，报考企业管理硕士参加的全国统一入学考试英语、数学的难度要高于MBA，但由于近年来国内MBA报考人数直线上升，竞争也相应越来越激烈。
    第四，培养方式不同。企业管理硕士生一般为国家培养，每个月有200元以上的补助，也有委托培养和自筹经费培养的学生，MBA一律为自筹经费或者单位委培。
    第五，培养目标不同。MBA的培养目标是优秀的企业家和实践工作人员，如清华大学经济管理学院MBA毕业生应当能够胜任工商企业和经济管理部门中、高级职务的工作，是能够适应未来社会激烈竞争的复合型人才。北大光华管理学院MBA项目面向跨国公司、大型国有企业、大型民营企业和大型金融机构。光华管理学院致力于帮助跨国公司管理队伍本地化，民族企业管理国际化，民营企业管理现代化。所以MBA课程注重实用性。企业管理硕士既要培养企业的实际管理人员，同时注重对学员管理科学理论的教育，为学科的发展培养接班人。一般情况下，企业管理硕士毕业生理论功底扎实，MBA学员因为其入学前已经有相当的实践经验，同时学习过程中也注重与实践的结合，能很快适应企业的实际工作。